El cuadro típico del MERS consiste en fiebre, tos y/o disnea. La neumonía es frecuente. Sin embargo también hay algunos casos asintomáticos de infección por MERS-CoV. Asimismo, se han descrito síntomas gastrointestinales, como la diarrea.
Los casos graves de MERS pueden presentar insuficiencia respiratoria que necesite ventilación mecánica e ingreso en unidades de cuidados intensivos.
Algunos pacientes han presentado insuficiencia orgánica, sobre todo renal, o choque séptico. El virus parece causar enfermedad más grave en ancianos y personas con sistemas inmunitarios debilitados o enfermedades crónicas como la diabetes, el cáncer o las neumopatías crónicas.
La tasa de mortalidad de las personas infectadas por MERS-CoV es de aproximadamente un 35%, pero esta cifra puede estar sobreestimada porque es posible que los casos leves no sean detectados por los actuales sistemas de vigilancia.